自然史博物館は、2002年１月にリニューアルしました。展示の中心となっているのは、1973年に本学と読売新聞社で共催された、?ソビエトの大恐竜展?で公開された標本の複製標本です。当館は開館以来恐竜などの大型動物化石の収集展示を行っています。
展示は、導入展示（１階）→脊椎動物の進化と爬虫類の発展（３階）→恐竜の世界（３階）、→中生代の海（２階）→生きている化石（２階）→哺乳類の発展（２階）→氷期の世界（２階）→ディススバリールーム（１階）からなり、１階にはレクチャールームとミュージアムショップがあります。ネイチャースクール「化石を掘ろう！」や自然観察フィールドワークの実施、年報?研究報告?ガイドブック?パンフレットも刊行しています。